Emmanuel (kodanikunimega Eduard) Kirss sündis Joann ja Helena Kirsi pere viienda pojana Kanissaare külas Saaremaal. Juba lapsest saati meeldis talle Tornimäel kodukirikus käia ja pärast teenistust vanemate meeste usuteemalisi vestlusi kuulata. Emmanuel meenutas, et kui ta oli 14 aastane, küsis üks vanem mees temalt: “No ja mis Sina nendest asjadest arvad?”. See tuli noorele mehele üllatusena, et teda ka juba täismehena võeti ja arvamust küsiti.
Eduard töötas alates 1941. aastast Saaremaal Pöide vallavalitsuses abikirjutajana. Kolleeg meenutas: „Tal oli kena käekiri ja ta oli rahulik, korralik poiss.“ Eduard mobiliseeriti Saksa sõjaväkke 1943. aastal ning ta teenis ka Nõukogude sõjaväes 1944-1947.
Pärast sõda abiellus Eduard Saaremaalt pärit Selmaga ja nende perre sündis kolm last. Kuni 1957. aastani elas Emmanuel oma perega Saaremaal.
Emmanuel õppis Petseri Vaimulikus Seminaris ning sooritas vaimuliku kutse-eksami 1948 aastal. Teda pühitseti diakoniks 4.12.1948 Pühtitsa/Kuremäe nunnakloostri Tallinna abikloostri kirikus Tallinna ja Eesti piiskop Issidori (Bogojavlenski) poolt. Preestriks pühitsemine toimus 5.12.1948 Tallinna Püha Neeva-Aleksandri peakirikus Tallinna ja Eesti piiskop Issidori (Bogojavlenski) poolt. 1964 pühitseti Emmanuel ülempreestriks Tallinna Issanda Muutmise peakirikus Tallinna ja Eesti metropoliidi Aleksius II poolt.
